PUT-005202.16/2025/PP/M.XIIA Tahun 2026

PUTUSAN

Nomor PUT-005202.16/2025/PP/M.XIIA Tahun 2026

DEMI KEADILAN BERDASARKAN KETUHANAN YANG MAHA ESA

PENGADILAN PAJAK

Memeriksa dan memutus sengketa pajak pada tingkat pertama dan terakhir dengan Acara Biasa secara elektronik melalui Sistem Informasi Pengadilan Pajak mengenai Banding terhadap Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP- 00504/KEB/PJ/WPJ.04/2024 tanggal 1 Oktober 2024 tentang Keberatan Wajib Pajak atas Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Masa Pajak Desember 2018 Nomor 00050/207/18/011/23 tanggal 17 Oktober 2023, yang terdaftar dalam berkas sengketa Nomor 005202.16/2025/PP, telah mengambil putusan sebagai berikut dalam sengketa antara:

PT SENTRAL LOGISTIK UTAMA, NPWP 70.162.963.6-011.000, beralamat di Gedung Puri Matari 2, Lt 2, Jl HR Rasuna Said, Kav H1-H2, Karet, Setiabudi, Kota Adm. Jakarta Selatan, DKI Jakarta, 12920 (domisili elektronik: sentrallogistikslu@gmail.com), dalam hal ini diwakili oleh Soenoe Soewardono, jabatan Direktur, yang dalam persidangan diwakili oleh:

1. Nama: Soenoe Soewardono

Jabatan: Direktur

2. Nama: Pino Siddharta

Izin Kuasa Hukum: KEP-140/PP/IKH/2025 tanggal 3 Februari 2025 Surat Kuasa Khusus : 002/SLU-TAX/VII/2025 tanggal 12 Juli 2025

3. Nama: Antoni Sihombing

Izin Kuasa Hukum: KEP-2615/PP/IKH/2025 tanggal 19 Desember 2025 Surat Kuasa Khusus : 004/SLU-TAX/VII/2025 tanggal 12 Juli 2025

untuk selanjutnya disebut sebagai Pemohon Banding;

Lawan

DIREKTUR JENDERAL PAJAK, berkedudukan di Jalan Gatot Subroto Kav. 40-42, Jakarta, 12190, dalam hal ini diwakili oleh:

1. Nama/NIP: Tutun Rahmanto / 19760627 200212 1 002

Jabatan: Penelaah Keberatan

2. Nama/NIP: Okie Indra Wijaya / 19861013 200901 1 003

Jabatan: Penelaah Keberatan

3. Nama/NIP: Helena Ameline / 197407041994022001

Jabatan: Penelaah Keberatan

4. Nama/NIP: Devid Wahyudi / 198310312009011008

Jabatan: Penelaah Keberatan

Unit Organisasi: Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Pajak Jakarta

Selatan I

berdasarkan Surat Tugas Nomor ST-2260/WPJ.04/2026 tanggal 18 Mei 2026, untuk selanjutnya disebut sebagai Terbanding;

Pengadilan Pajak tersebut;

Telah membaca Penetapan Ketua Pengadilan Pajak Nomor PEN- 1267/PP/BR/2025 tanggal 25 November 2025 juncto PEN-081/PP/Prb/2026 tanggal 04 Mei 2026,

Telah membaca Surat Banding Pemohon Banding Nomor 002/VI/2025/SLU tanggal 20 Juni 2025,

Telah mendengar keterangan para pihak yang bersengketa dalam persidangan,

Telah membaca dan memeriksa bukti-bukti tertulis maupun surat lainnya yang disampaikan para pihak dalam persidangan;

DUDUK PERKARA

Menimbang, bahwa Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Pajak Pertambahan Nilai Masa Pajak Desember 2018 Nomor 00050/207/18/011/23 tanggal 17 Oktober 2023 diterbitkan oleh Kantor Pelayanan Pajak Pratama Jakarta Setiabudi Satu dengan perhitungan sebagai berikut:

Menimbang, bahwa atas Surat Ketetapan Pajak tersebut, Pemohon Banding mengajukan keberatan dengan Surat Nomor 004/I/SLU/2024 tanggal 15 Januari 2024 dengan perhitungan pajak menurut Pemohon Banding sebagai berikut:

Menimbang, bahwa atas keberatan Pemohon Banding tersebut, Terbanding dengan Keputusan Nomor KEP-00504/KEB/PJ/WPJ.04/2024 tanggal 1 Oktober 2024, menyatakan menolak, dengan perhitungan sebagai berikut:

bahwa namun Pemohon Banding tidak setuju dengan Surat Keputusan Keberatan a quo sehingga mengajukan banding dengan Surat Nomor 002/VI/2025/SLU tanggal 20 Juni 2025 yang diterima di Pengadilan Pajak pada hari Sabtu tanggal 21 Juni 2025 (E-Taxcourt);

Menimbang, bahwa Pemohon Banding dalam Surat Banding Nomor 002/VI/2025/SLU tanggal 20 Juni 2025, pada pokoknya mengemukakan hal-hal sebagai berikut:

PEMENUHAN KETENTUAN FORMAL PENGAJUAN BANDING

1. Pemohon Banding mengajukan banding berdasarkan ketentuan Pasal 27 ayat

(1) Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1983 tentang beberapa kali diubah terakhir dengan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1983 tentang Ketentuan Umum dan Tata cara Perpajakan sebagaimana telah beberapa kali diubah terakhir dengan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2009 (UU KUP), yaitu mengajukan banding atas keputusan keberatan;

2. Pemenuhan Ketentuan Pasal 35 Undang-Undang Pengadilan Pajak:

a. Surat banding ini dibuat dalam Bahasa Indonesia dan ditujukan kepada Pengadilan Pajak;

b. Surat banding disampaikan masih dalam jangka waktu 3 (tiga) bulan sejak diterima Keputusan yang dibanding, karena salinan surat Keputusan Keberatan Nomor KEP-00504/KEB/PJ/WPJ.04/2024 tanggal 01 Oktober 2024 diterima pada tanggal 20 Mei 2025;

3. Pemenuhan ketentuan Pasal 36 Undang-Undang Pengadilan Pajak:

a. Terhadap 1 (satu) Keputusan diajukan 1 (satu) Banding,

b. Banding diajukan dengan disertai alasan-alasan yang jelas sebagaimana akan diuraikan pada bagian selanjutnya;

4. Pemenuhan Ketentuan Pasal 37 Undang-Undang Pengadilan Pajak:

bahwa Surat Banding ditandatangani oleh Soenoe Soewardono jabatan selaku Direktur yang dibuktikan dengan Akta Nomor 20 tanggal 19 November 2020. Dengan demikian surat banding yang diajukan Pemohon Banding terhadap Keputusan Terbanding Nomor KEP-00504/KEB/PJ/WPJ.04/2024 tanggal 01 Oktober 2024 telah memenuhi ketentuan formal sebagaimana dipersyaratkan dalam UU KUP dan UU Pengadilan Pajak;

KETENTUAN FORMAL PENERBITAN KEPUTUSAN KEBERATAN

bahwa Pemohon Banding menerima Keputusan Terbanding KEP- 00504/KEB/PJ/WPJ.04/2024 tanggal 01 Oktober 2024 pada tanggal 20 Mei 2025 sebagaimana telah dibetulkan dengan Keputusan Terbanding Nomor KEP- 00045/NKEB/PJ/KPP.0401/2024 tanggal 3 September 2024, bahwa Terbanding tidak mengirimkan Surat Keputusan tersebut dengan tepat waktu dan dengan patut sehingga melewati batas waktu yang ditentukan oleh UU Nomor 28 Tahun 2007 tentang KUP Pasal 26 dapat disampaikan sebagai berikut:

1. Direktur Jenderal Pajak dalam jangka waktu paling lama 12 (dua belas) bulan sejak tanggal surat keberatan diterima harus memberi keputusan atas keberatan yang diajukan,

2. Sebelum surat keputusan diterbitkan, Wajib Pajak dapat menyampaikan alasan tambahan atau penjelasan tertulis,

3. Keputusan Direktur Jenderal Pajak atas keberatan dapat berupa mengabulkan seluruhnya atau sebagian, menolak atau menambah besarnya jumlah pajak yang masih harus dibayar,

4. Dalam hal Wajib Pajak mengajukan keberatan atas surat ketetapan pajak sebagaimana dimaksud dalam Pasal 13 ayat (1) huruf b dan huruf d, Wajib Pajak yang bersangkutan harus dapat membuktikan ketidakbenaran ketetapan pajak tersebut,

5. Apabila jangka waktu sebagaimana dimaksud pada ayat (1) telah terlampaui dan Direktur Jenderal Pajak tidak memberi suatu keputusan, keberatan yang

diajukan tersebut dianggap dikabulkan;

bahwa berdasarkan UU Nomor 14 Tahun 2002 Tentang Pengadilan Pajak Pasal 35 dapat disampaikan sebagai berikut:

1. Banding diajukan dengan Surat Banding dalam Bahasa Indonesia kepada Pengadilan Pajak,

2. Banding diajukan dalam jangka waktu 3 (tiga) bulan sejak tanggal diterima Keputusan yang dibanding, kecuali diatur lain dalam peraturan perundang- undangan perpajakan,

3. Jangka waktu sebagaimana dimaksud dalam ayat (2) tidak mengikat apabila jangka waktu dimaksud tidak dapat dipenuhi karena keadaan di luar kekuasaan Pemohon Banding;

berdasarkan peraturan perundang-undangan tersebut di atas maka Terbanding tidak memberikan putusan keberatan Pemohon Banding tepat waktu sebagaimana yang dimaksud di atas sehingga melewati batas waktu formal keberatan;

bahwa berdasarkan UU Pengadilan Pajak Pasal 1 ayat 12 dapat disampaikan sebagai berikut:

“Tanggal diterima adalah tanggal stempel pos pengiriman, tanggal faksimile, atau dalam hal diterima secara langsung adalah tanggal pada saat surat, keputusan, atau putusan diterima secara langsung”;

bahwa pada tanggal 20 Mei 2025, Keputusan Keberatan diserahkan langsung kepada Pemohon Banding sehingga berdasarkan Peraturan UU Pengadilan Pajak Pasal 1 ayat 12 bahwa Keputusan diterima secara langsung adalah tanggal berdasarkan ketentuan. Oleh karenanya Keputusan Terbanding harus dibatalkan demi hukum;

MENGENAI KETETAPAN SEMULA DAN KEPUTUSAN YANG DIBANDING

1. Pemohon Banding telah menerima Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Pajak Pertambahan Nilai Nomor 00050/207/18/011/23 tanggal 17 Oktober 2023 Masa Pajak Desember 2018 yang diterbitkan berdasarkan hasil pemeriksaan pajak oleh Kantor Pelayanan Pajak Pratama Setiabudi Satu, dengan rincian perhitungan sebagai berikut:

2. Atas ketetapan tersebut, Pemohon Banding telah mengajukan keberatan kepada Kantor Pelayanan Pajak Pratama Setiabudi Satu dengan surat nomor 004/I/SLU/2024 tanggal 15 Januari 2024 yang pada intinya Pemohon Banding tidak setuju atas perhitungan pajak di atas, dan menurut Pemohon Banding perhitungan pajak yang seharusnya adalah sebagai berikut:

3. Atas surat keberatan yang diajukan Pemohon Banding, telah diterbitkan Surat Keputusan Terbanding Nomor KEP-00504/KEB/PJ/WPJ.04/2024 tanggal 01 Oktober 2024 dengan perhitungan sebagai berikut:

MENGENAI POKOK SENGKETA DAN ALASAN BANDING

bahwa pokok sengketa dalam permohonan banding ini adalah koreksi Terbanding yang tidak disetujui oleh Pemohon Banding dengan rincian sebagai berikut: Koreksi Pajak Pertambahan Nilai

Menurut Terbanding:

bahwa berkaitan dengan Surat Pemberitahuan Hasil Penelitian atas SKPKB Pajak Pertambahan Nilai Nomor 00050/207/18/011/23 tanggal 17 Oktober 2023 Masa Pajak Desember 2018 bahwa tim peneliti memiliki kesimpulan bahwa koreksi pemeriksa atas penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri sudah tepat; Menurut Pemohon Banding:

bahwa Pemohon Banding tidak setuju terhadap koreksi Terbanding dengan alasan:

1. Pemohon Banding tidak setuju atas koreksi PPN sebagaimana tanggapan Pemohon Banding dalam surat keberatan No 004/I/SLU/2024 atas peredaran usaha yang dikoreksi oleh Pemeriksa menggunakan metode pengujian persentase gross profit margin;

2. Berdasarkan pembahasan pada Pembahasan Akhir Pemeriksaan, metode yang digunakan oleh Pemeriksa dalam melakukan perhitungan ulang atas jumlah peredaran usaha yang seharusnya dilaporkan oleh Wajib Pajak adalah pengujian persentase gross profit margin (atas hal ini Wajib Pajak secara tertulis telah menyampaikan permintaan penjelasan dan perhitungan atas hal terkait namun sampai dengan surat keberatan ini disampaikan, Wajib Pajak tidak menerima penjelasan secara formal, namun Pemeriksa memberikan penjelasan perhitungan secara langsung saat tatap muka);

3. Mempertimbangkan kondisi ekonomi secara umum maupun kondisi Perusahaan yang tidak sama setiap tahun, menurut Pemohon Banding tidak dapat digunakan perkiraan jumlah peredaran usaha secara pengujian prosentasi gross profit margin seperti yang dilakukan oleh Pemeriksa;

4. Pemohon Banding telah menyampaikan daftar tagihan (penjualan) lengkap selama setahun pada saat pemeriksaan dan telah melakukan ekualisasi dengan SPT PPN yang dilaporkan selama tahun 2018;

5. Pemohon Banding tidak setuju dengan dimunculkannya STP Nomor 00111/107/18/011/23 tanggal 17 Oktober 2023 Pasal 14(4) KUP huruf d sebesar Rp29.864.491,00 terkait koreksi di SKPKB PPN Masa Desember 2018 dan kiranya atas STP tersebut dapat dibatalkan;

KESIMPULAN DAN USUL PEMOHON BANDING

bahwa berdasar penjelasan dan uraian di atas, Pemohon Banding menyimpulkan bahwa Surat Banding telah memenuhi seluruh ketentuan formal pengajuan banding sebagaimana diatur dalam Pasal 27 UU KUP serta Pasal 35, 36, dan 37 UU Pengadilan Pajak;

bahwa selanjutnya, Pemohon Banding mengusulkan kepada Majelis Hakim Pengadilan Pajak yang terhormat agar:

1. Menyatakan bahwa banding yang diajukan Pemohon Banding dapat diterima karena telah memenuhi seluruh ketentuan formal;

2. Mengabulkan seluruhnya banding yang diajukan Pemohon Banding;

Menimbang, bahwa Pemohon Banding dalam persidangan mengajukan alat bukti berupa surat atau tulisan (file softcopy) yang telah dicocokkan dengan

pembandingnya, masing-masing diberi tanda P-1. sampai dengan P-17. sebagai berikut:

Bukti P-1. SalinanSuratKeputusanTerbandingNomorKEP-

00504/KEB/PJ/WPJ.04/2024 tanggal 1 Oktober 2024,

Bukti P-2. Salinan Dimeteraikan Kemudian Surat Keberatan Nomor

004/I/SLU/2024 tanggal 15 Januari 2024,

Bukti P-3. Salinan Dimeteraikan Kemudian Bukti Penerimaan Surat Nomor

FORM-05000207/BPS/KPP.040103/2024 tanggal 15 Januari 2024, Bukti P-4. Salinan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Nomor

00050/207/18/011/23 tanggal 17 Oktober 2023,

Bukti P-5. Salinan Dimeteraikan Kemudian Akta Pernyataan Keputusan Sirkuler

Pemegang Saham Sebagai Pengganti Rapat Umum Pemegang Saham Luar Biasa PT Sentral Logistik Utama nomor 24 tanggal 25 November 2020, dibuat di hadapan Martina, S.H., notaris di Jakarta,

Bukti P-6. Salinan Dimeteraikan Kemudian Penerimaan Pemberitahuan

Perubahan Data Perseroan PT Sentral Logistik Utama, Kementerian Hukum dan HAM nomor AHU-AH.01.03-0412207 tanggal 26 November 2020,

Bukti P-7. Salinan Dimeteraikan Kemudian Akta Pendirian Perseroan Terbatas

“Sentral Logistik Utama” Berkedudukan di Jakarta Selatan nomor 01 tanggal 2 Mei 2014, dibuat di hadapan Ardi Kristiar, S.H., MBA., notaris di Kota Jakarta Selatan,

Bukti P-8. Keputusan Ketua Pengadilan Pajak nomor KEP-028/PP/IKH/2024

tanggal 16 Januari 2024,

Bukti P-9. Keputusan Ketua Pengadilan Pajak nomor KEP-140/PP/IKH/2025

tanggal 3 Februari 2025,

Bukti P-10. Asli Bermeterai Pakta Integritas Antoni Sihombing, S.E., M.Si., jabatan

Kuasa Hukum tanggal 12 Juli 2025,

Bukti P-11. Asli Bermeterai Pakta Integritas Pino Siddharta, S.E., S.H., M.Si.,

jabatan Kuasa Hukum tanggal 12 Juli 2025,

Bukti P-12. Asli Bermeterai Pakta Integritas Soenoe Soewardono, jabatan

Direktur tanggal 12 Juli 2025

Bukti P-13. Asli Bermeterai Surat Kuasa Khusus nomor 004/SLU-TAX/VII/2025

tanggal 12 Juli 2025 oleh Soenoe Soewardono, jabatan Direktur kepada Antoni Sihombing, S.E., M.Si., jabatan Kuasa Hukum berdasarkan Keputusan Ketua Pengadilan Pajak nomor KEP- 028/PP/IKH/2024 tanggal 16 Januari 2024,

Bukti P-14. Asli Bermeterai Surat Kuasa Khusus nomor 002/SLU-TAX/VII/2025

tanggal 12 Juli 2025 oleh Soenoe Soewardono, jabatan Direktur kepada Pino Siddharta, S.E., S.H., M.Si., jabatan Kuasa Hukum berdasarkan Keputusan Ketua Pengadilan Pajak nomor KEP- 140/PP/IKH/2025 tanggal 3 Februari 2025,

Bukti P-15. Salinan Dimeteraikan Kemudian Keputusan Menteri Hukum dan HAM

nomor AHU-07353.40.10.2014 tanggal 6 Mei 2014,

Bukti P-16. Keputusan Ketua Pengadilan Pajak nomor KEP-2615/PP/IKH/2025

tanggal 19 Desember 2025,

Bukti P-17. Pernyataan Akhir Nomor Closing/SLU/PPN/26/V/002 tanggal 18 Mei

2026;

Menimbang, bahwa Terbanding dalam persidangan mengajukan alat bukti berupa surat atau tulisan (file softcopy) yang telah dicocokkan dengan pembandingnya, masing-masing diberi tanda T-1. sampai dengan T-6. sebagai berikut:

Bukti T-1. Salinan Kertas Kerja Pemeriksaan,

Bukti T-2. SalinanLaporanHasilPemeriksaannomorLAP-

00362/RIKSIS/KPP.0401/PaPj.2/2023 tanggal 13 Oktober 2023, Bukti T-3. Salinan Laporan Penelitian Keberatan nomor LAP-5714/WPJ.04/2024

tanggal 30 September 2024,

Bukti T-4. Matriks Sengketa beserta Penjelasan,

Bukti T-5. Penjelasan Tertulis tanggal 9 Januari 2026,

Bukti T-6. Pendapat Akhir Nomor S-319/WPJ.04/2026 tanggal 12 Mei 2026;

PERTIMBANGAN HUKUM

Kewenangan Pengadilan Pajak:

bahwa objek sengketa berupa Keputusan Terbanding Nomor KEP- 00504/KEB/PJ/WPJ.04/2024 tanggal 1 Oktober 2024 tentang Keberatan Wajib Pajak atas Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar termasuk sengketa pajak sehingga berdasarkan ketentuan Pasal 31 ayat (1) dan ayat (2) Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak merupakan kewenangan Pengadilan Pajak;

Ketentuan Formal:

Menimbang, bahwa sesuai peraturan perundang-undangan peradilan pajak, pemeriksaan materi sengketa banding dilakukan setelah pemeriksaan atas pemenuhan ketentuan formal;

Pemenuhan Ketentuan Formal Pengajuan Banding:

bahwa Surat Banding Nomor 002/VI/2025/SLU tanggal 20 Juni 2025, dibuat dalam Bahasa Indonesia ditujukan kepada Pengadilan Pajak, diajukan masih dalam jangka waktu 3 (tiga) bulan, menyatakan tidak setuju terhadap Keputusan Terbanding dan diajukan untuk satu Keputusan, memuat alasan-alasan yang jelas dan mencantumkan tanggal diterimanya Surat Keputusan Terbanding, dilampiri dengan salinan keputusan yang dibanding, telah terpenuhi kewajiban pembayaran sebesar 50% dari pajak terutang, dan ditandatangani oleh pengurus/kuasa yang berhak menandatangani sehingga memenuhi ketentuan Pasal 35 ayat (1) dan ayat (2), Pasal 36 ayat (1), ayat (2), ayat (3), dan ayat (4), Pasal 37 ayat (1) Undang- Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak;

POKOK SENGKETA

Menimbang, bahwa terbukti pokok sengketa dalam banding ini adalah sebagai berikut:

Menimbang, bahwa setelah mempertimbangkan dan menilai bukti-bukti serta fakta yang terungkap dalam persidangan, maka pendapat Pengadilan Pajak adalah sebagai berikut:

Menimbang, bahwa yang menjadi pokok sengketa adalah Koreksi Dasar Pengenaan Pajak Penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri sebesar Rp2.577.109.117,00 yang tidak disetujui Pemohon Banding;

Menimbang, bahwa koreksi atas Dasar Pengenaan Pajak Penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri sebesar Rp2.577.109.117,00 merupakan koreksi ikutan (koreksi ekualisasi) yang bersumber langsung dari koreksi primer atas Peredaran Usaha pada Pajak Penghasilan (PPh) Badan Tahun Pajak 2018. Terbanding berpendapat bahwa karena terdapat selisih peredaran usaha yang belum dilaporkan dalam PPh Badan, maka atas selisih tersebut secara otomatis merupakan objek Pajak Pertambahan Nilai (PPN) yang belum dipungut dan harus diatribusikan pada Masa Pajak Desember 2018;

Menimbang, bahwa alasan utama Terbanding melakukan koreksi tersebut adalah ditemukannya ketidakwajaran dalam pelaporan Surat Pemberitahuan (SPT) Pemohon Banding, di mana nilai Gross Profit Margin (GPM) yang dilaporkan mencapai 85,22%. Ketidakwajaran ini dipicu oleh kesalahan Pemohon Banding yang hanya mencantumkan Harga Pokok Penjualan (HPP) sebesar Rp3.453.369.599,00 dalam formulir SPT, padahal berdasarkan dokumen laporan keuangan dan transkrip kutipan elemen laporan keuangan yang dilampirkan, nilai HPP riil adalah sebesar Rp21.505.948.472,00;

Menimbang, bahwa dalil Terbanding untuk melakukan penghitungan ulang peredaran usaha didasarkan alasan bahwa Pemohon Banding tidak menyerahkan bukti-bukti pendukung yang memadai dan kompeten selama proses pemeriksaan. Terbanding menyatakan bahwa dokumen yang diminta seperti keseluruhan faktur (invoice) penjualan dan pembelian, bukti kas masuk dan keluar, serta softcopy General Ledger tidak dipenuhi, sehingga peredaran usaha yang sebenarnya tidak dapat diketahui secara pasti melalui pengujian langsung. Kondisi ini memberikan kewenangan kepada Terbanding berdasarkan Pasal 12 ayat (3) UU KUP untuk menetapkan jumlah pajak terutang secara jabatan;

Menimbang, bahwa dalam menentukan nilai peredaran usaha yang wajar, Terbanding menggunakan metode penghitungan rasio GPM yang didasarkan pada data historis tiga tahun terakhir (2015-2017). Terbanding menghitung rata- rata pertumbuhan GPM sebesar 3,41% yang kemudian ditambahkan pada rasio GPM tahun 2017 (13,70%), sehingga diperoleh target GPM wajar tahun 2018 sebesar 17,11%. Terbanding meyakini metode ini objektif karena pada tahun 2018 tidak terdapat dampak force majeure atau isu ekonomi makro yang menghambat pertumbuhan usaha;

Menimbang, bahwa secara teknis, Terbanding melakukan gross-up terhadap nilai HPP riil (Rp21.505.948.472,00) dibagi dengan rasio HPP sebesar 82,89% (hasil dari 100% - 17,11%), yang menghasilkan jumlah peredaran usaha seharusnya sebesar Rp25.945.166.453,00. Selisih antara nilai tersebut dengan peredaran usaha yang dilaporkan di SPT (Rp23.368.057.336,00) sebesar Rp2.577.109.117,00 inilah yang ditetapkan sebagai Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN yang harus dipungut sendiri;

Menimbang, bahwa penjelasan Terbanding mengenai dasar hukum penggunaan metode tersebut mengacu pada Pasal 4 huruf b PER-23/PJ/2013 tentang Standar Pemeriksaan, yang memperbolehkan pengujian berdasarkan metode dan teknik pemeriksaan sesuai program pemeriksaan yang disusun. Terbanding berkesimpulan bahwa seluruh prosedur dan materi koreksi telah sesuai dengan data, fakta, serta ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan yang berlaku;

Menimbang, bahwa Pemohon Banding menyatakan tidak setuju atas koreksi Penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri sebesar Rp2.577.109.117,00 dikarenakan koreksi tersebut merupakan koreksi ikutan (koreksi ekualisasi) yang bersumber langsung dari koreksi peredaran usaha pada PPh Badan Tahun Pajak 2018. Pemohon Banding berdalil bahwa secara hukum, apabila koreksi primer pada PPh Badan dibatalkan, maka secara otomatis koreksi pada PPN masa Desember 2018 tersebut juga harus batal demi hukum;

Menimbang, bahwa Pemohon Banding membantah metode penghitungan peredaran usaha yang digunakan Terbanding, yaitu metode pengujian persentase Gross Profit Margin (GPM), karena dianggap tidak relevan dengan realitas bisnis. Pemohon Banding berpendapat bahwa kondisi ekonomi secara umum maupun kondisi internal perusahaan tidak selalu sama setiap tahun, sehingga penggunaan rata-rata pertumbuhan GPM dari tahun-tahun sebelumnya untuk memperkirakan peredaran usaha tahun 2018 adalah tindakan yang tidak tepat;

Menimbang, bahwa Pemohon Banding menegaskan telah menyerahkan data dan dokumen pendukung yang lengkap selama proses pemeriksaan untuk membuktikan nilai peredaran usaha yang sebenarnya adalah sebesar Rp23.368.057.336,00. Dokumen tersebut meliputi daftar tagihan (billing list) pelanggan tahun 2018, rekapitulasi faktur penjualan, payment voucher, official receipt, hingga rekening koran dari empat bank berbeda (Bank Mandiri dan tiga rekening BCA). Pemohon Banding menyatakan bahwa data tersebut sebenarnya telah menggambarkan dengan jelas jumlah penjualan yang dilaporkan dalam SPT Masa PPN;

Menimbang, bahwa Pemohon Banding mendalilkan bahwa koreksi Terbanding telah menyalahi amanat Pasal 12 ayat (3) UU KUP, dimana setiap

penetapan pajak seharusnya didasarkan pada bukti konkret (seperti nomor nota penjualan dan nomor faktur pajak), bukan sekadar metode penilaian atau rasio. Pemohon Banding juga menekankan bahwa Terbanding telah mengabaikan Pasal 28 UU KUP karena tidak benar-benar menguji pembukuan riil tahun 2018, melainkan hanya menggunakan asumsi perbandingan tahun-tahun sebelumnya;

Menimbang, bahwa Pemohon Banding memberikan penjelasan bahwa angka GPM 85,22% yang terlihat tidak wajar dalam SPT murni disebabkan oleh kesalahan administratif dalam penginputan nilai Harga Pokok Penjualan (HPP). Kesalahan ini terjadi karena keterbatasan kemampuan staf yang mengisi SPT di tengah kondisi krisis perusahaan (PHK besar-besaran), namun Pemohon Banding menegaskan bahwa nilai HPP yang benar sebesar Rp21.505.948.472,00 sudah tercantum secara benar dalam lampiran laporan keuangan dan transkrip kutipan elemen laporan keuangan yang menyertai SPT tersebut;

Menimbang, bahwa Pemohon Banding juga mengemukakan bahwa penggunaan metode tidak langsung (seperti rasio pertumbuhan GPM) telah kehilangan landasan legalitasnya sejak PER-04/PJ/2012 dicabut oleh PER- 07/PJ/2014. Dengan dicabutnya peraturan tersebut, Pemohon Banding berpendapat bahwa setiap pengujian peredaran usaha wajib didasarkan pada bukti fisik yang sah dan valid, sehingga koreksi yang didasarkan pada asumsi persentase harus dibatalkan demi memberikan kepastian hukum dan keadilan bagi Wajib Pajak;

Menimbang, bahwa yang menjadi permasalahan dalam sengketa ini adalah apakah Koreksi Penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri sebesar Rp2.577.109.117,00 telah sesuai dengan ketentuan yang berlaku;

Menimbang, bahwa Pasal 4 ayat (1) huruf a UU PPN mengatur sebagai berikut:

“Pajak Pertambahan Nilai dikenakan atas :

a. penyerahan Barang Kena Pajak di dalam Daerah Pabean yang dilakukan oleh Pengusaha,

b. impor Barang Kena Pajak,

c. penyerahan Jasa Kena Pajak di dalam Daerah Pabean yang dilakukan oleh Pengusaha,

d. pemanfaatan Barang Kena Pajak Tidak Berwujud dari luar Daerah Pabean di dalam Daerah Pabean,

e. pemanfaatan Jasa Kena Pajak dari luar Daerah Pabean di dalam Daerah Pabean,

f. ekspor Barang Kena Pajak Berwujud oleh Pengusaha Kena Pajak,

g. ekspor Barang Kena Pajak Tidak Berwujud oleh Pengusaha Kena Pajak, dan

h. ekspor Jasa Kena Pajak oleh Pengusaha Kena Pajak”;

Menimbang, bahwa dari pemeriksaan persidangan diketahui koreksi Koreksi Dasar Pengenaan Pajak Penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri sebesar Rp2.577.109.117,00 merupakan koreksi lanjutan dari koreksi PPh Badan Tahun 2018 pada pos Penghasilan Bruto atau Peredaran Usaha/Bruto sebesar Rp2.577.109.117,00, yang sengketanya juga diajukan banding;

Menimbang, bahwa atas Koreksi Peredaran Usaha/Bruto sebesar Rp2.577.109.117,00 di PPh Badan Tahun 2018 tersebut telah diputus Pengadilan Pajak dengan putusan Nomor PUT-005201.15/2025/PP/M.XIIA Tahun 2026;

Menimbang, bahwa dalam putusan a quo Pengadilan Pajak berpendapat Koreksi Penghasilan Bruto atau Peredaran Usaha/Bruto seharusnya sebesar Rp1.551.929.306,00, oleh karenanya penghitungan Terbanding yang menetapkan koreksi sebesar Rp2.577.109.117,00 belum sepenuhnya tepat. Berdasarkan uraian dan pertimbangan di atas Koreksi Penghasilan Bruto atau Peredaran Usaha/Bruto sebesar Rp2.577.109.117,00 yang tetap dipertahankan sebesar Rp1.551.929.306,00 dan yang tidak dipertahankan sebesar Rp1.025.179.811,00;

Menimbang, bahwa Pengadilan Pajak berpendapat karena Koreksi Dasar Pengenaan Pajak Penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri sebesar Rp2.577.109.117,00 merupakan koreksi lanjutan dari koreksi PPh Badan Tahun 2018 pada pos Penghasilan Bruto atau Peredaran Usaha/Bruto, maka penyelesaian sengketa ini mengikuti penyelesaian sengketa Koreksi Peredaran Usaha/Bruto di PPh Badan Tahun 2018;

Menimbang, bahwa karena masih terdapat koreksi Koreksi Peredaran Usaha/Bruto yang dipertahankan maka masih terdapat Koreksi Dasar Pengenaan Pajak Penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri yang semestinya dipertahankan sebesar Rp1.551.929.306,00;

Menimbang, bahwa Pengadilan Pajak berpendapat bahwa atas Koreksi Penghasilan Bruto atau Peredaran Usaha/Bruto sebesar Rp1.551.929.306,00 merupakan objek PPN sebagaimana diatur dalam Pasal 4 ayat (1) huruf a Undang Undang Pajak Pertambahan Nilai;

Menimbang, bahwa berdasarkan uraian dan pertimbangan di atas Pengadilan Pajak berpendapat Koreksi Dasar Pengenaan Pajak Penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri sebesar Rp2.577.109.117,00 yang tetap dipertahankan sebesar Rp1.551.929.306,00 dan yang tidak dipertahankan sebesar Rp1.025.179.811,00;

Menimbang, bahwa Pengadilan Pajak telah mempertimbangkan seluruh alat bukti dan dalil-dalil yang disampaikan para pihak, namun untuk mengambil putusan hanya menguraikan alat bukti dan dalil yang relevan dengan perkara ini;

Menimbang, bahwa berdasarkan uraian tersebut di atas, rekapitulasi pendapat Pengadilan Pajak atas pokok sengketa adalah sebagai berikut:

Menimbang, bahwa berdasarkan hasil pemeriksaan dalam persidangan maka Pengadilan Pajak berketetapan untuk menggunakan kuasa Pasal 80 ayat (1) Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak untuk mengabulkan sebagian banding Pemohon Banding, sehingga perhitungan menurut Pengadilan Pajak adalah sebagai berikut:

1. Dasar Pengenaan Pajak menurut TerbandingRp3.201.188.736,00 Koreksi tidak dipertahankan Pengadilan PajakRp1.025.179.811,00 Dasar Pengenaan Pajak menurut Pengadilan PajakRp2.176.008.925,00

Menimbang, bahwa dengan demikian, perhitungan menurut pendapat Pengadilan Pajak adalah sebagai berikut:

Memperhatikan Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak dan peraturan perundang-undangan lain yang terkait.

MENGADILI:

Mengabulkan sebagian banding Pemohon Banding terhadap Keputusan Terbanding Nomor KEP-00504/KEB/PJ/WPJ.04/2024 tanggal 1 Oktober 2024 tentang Keberatan Wajib Pajak atas Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Masa Pajak Desember 2018 Nomor 00050/207/18/011/23 tanggal 17 Oktober 2023, atas nama PT Sentral Logistik Utama, NPWP 70.162.963.6-011.000, sehingga jumlah pajak yang masih harus dibayar adalah sebesar Rp222.981.202,00;

Demikian diputuskan dalam musyawarah Majelis Hakim Pengadilan Pajak pada hari Senin tanggal 25 Mei 2026 oleh Anang Mury Kurniawan, S.S.T., Ak., M.Si., sebagai Hakim Ketua, Bambang Sujatmiko, S.H., M.H. dan Bangkit Cahyono, S.S.T., Ak., M.M., M.H., masing-masing sebagai Hakim Anggota, diucapkan dalam sidang terbuka untuk umum dan disampaikan kepada para pihak yang sekaligus pula dipublikasikan melalui Sistem Informasi Pengadilan Pajak pada hari Senin tanggal 15 Juni 2026 oleh Majelis Hakim tersebut dan dibantu oleh Anang Bagus Giarto, S.E., M.M., sebagai Panitera Pengganti, serta dihadiri oleh Pemohon Banding dan Terbanding.

Hakim-Hakim AnggotaHakim Ketua Majelis

Ttd

Ttd

Ditandatangani secara elektronikDitandatangani secara elektronik Bambang Sujatmiko, S.H., M.H.Anang Mury Kurniawan, S.S.T., Ak.,

M.Si.

Ditandatangani secara elektronik

Bangkit Cahyono, S.S.T., Ak., M.M., M.H.

Panitera Pengganti

Ditandatangani secara elektronik Anang Bagus Giarto, S.E., M.M.